La “Riserva naturale Orientata Isola di Lampedusa”, copre una estensione di 369.68, ha , nel territorio del comune di Lampedusa e Linosa. Il paesaggio è caratterizzato da profonde incisioni a rias che solcano il pianoro: Vallone dell'Acqua, Profondo, della Forbice, Dragut, Tabaccara, ecc. Proprio allo sbocco dei Valloni, che costituivano l'antico reticolo idrografico ora non più attivo, si trovano le splendide spiagge dell'Isola dei Conigli, di Cala Pulcino, di Cala Galera. Il profilo costiero è quanto mai vario e suggestivo: ad Ovest imponenti falesie modellate dall'azione erosiva dei venti e del moto ondoso, scendono sul mare a precipizio o con ripide scarpate. Ad oriente, invece, la costa declina gradualmente verso il mare e assume forme frastagliate, rientranti in piccole insenature e cale.La riserva ha il fine di tutelare la conservazione dell’ambiente naturale nella sua integrità, in quanto vi insistono le espressioni più caratteristiche della flora e della fauna. Fra le vegetazioni più esclusive dell’isola si rinvengono alcune stazioni di Coralluma europea, le uniche esistenti in Italia, e di Centaurea acaulis, nota sola a Lampedusa e in Sicilia. Nell’isola si conservano delle colonie nidificanti di Phalacrocorax aristotelis e numerose componenti di endemismi dell’entomofauna. L’isola di Lampedusa è di natura calcare, a differenza di Linosa che è di natura vulcanica, è un altipiano brullo con alternanza di steppa e tufo. Fino all’inizio dell’800 l’isola era ricca di boschi e sorgenti di limpide acque. Nella spiaggia nidifica la Tartaruga marina; nidifica sulle scogliere anche il Falco della regina e il Marangone dal ciuffo, specie esclusiva dell’isola di Lampedusa. L’ente gestore del patrimonio floreale e faunistico è Legambiente.

Le isole Pelagie Linosa e Lampione costituiscono la Riserva naturale Integrale in territorio appartenente al comune di Lampedusa e Linosa. L’estenzione è di circa 266.87 ha., l’ente gestore è l’Azienda delle Foreste Demaniali della Regione Siciliana. La riserva nel territorio di Linosa ha il fine di tutelare la flora fanerogamica di circa 220 entità, fra cui l’endemismo uniforme rappresentato da Erodium neuradifolium linosace; la ricchissima Linosa: Veduta del porticciolo Esemplare di squalo bianco flora di licheni e muschi, la vegetazione rupeste, le grandi colonie di Berta maggiore e la varietà di fauna endemica, tra cui il coniglio e la lucertola. Nel territorio di Lampione, scoglio di natura calcarea, inospitale e di difficile approdo, la riserva naturale ha lo scopo di tutelare l’ambiente ecologicamente integro con una ricca comunità faunistica: colonie nidificanti di uccelli marini, come il falco della regina, popolazioni geograficamente isolate di Podarcis filfolensis e Chalcides ocellatus. Nella acque di lampione si riproducono lo squalo bianco e altre specie di squali pelagici.